প্রাচীন ভারতবর্ষের বিখ্যাত একটি হাটের নাম গোপেন্দ্রগঞ্জহাট। আর গোপেন্দ্রগঞ্জ হাটের পশ্চিম দিকে অবস্থিত বর্তমান খন্জনপুর অঞ্চলে রাজা জয়পাল বাস করতেন। তাঁর নামানুসারে তখন ঐ অঞ্চলের নাম করণ জয়পুর করা হয়।
ব্রিটিশ আমলে দার্জিলিং থেকে কলকাতা পর্যন্ত যে রেল যোগাযোগ স্থাপিত হয়, তা জয়পুরহাটের উপর দিয়েই হয়। ফলে সে সময়ে জয়পুরহাট রেল ষ্টেশন অনেক গুরুত্ব লাভ করে। কালের বিবর্তনে গোপেন্দ্রগঞ্জহাট এক সময়ে জয়পুরহাট নামে পরিচিতি লাভ করে। এই জয়পুরহাট পাঁচবিবি থানার বগুড়া জেলার অন্তভূক্ত ছিলো। এলাকার গুরুত্ব এবং সমগ্র দেশের সাথে যোগাযোগের সুবিধার্থে এক সময় পাঁচবিবি থানাকে বগুড়া জেলার অন্তর্ভূক্ত এবং জয়পুরহাটকে নতুন থানা হিসাবে স্বীকৃতি দিয়ে বগুড়া জেলার অন্তর্ভূক্ত করা হয়। পরবর্তীতে জয়পুরহাট থানার গুরুত্ব বৃদ্ধি পাওয়ায় বগুড়া জেলার একটি মহকুমা হিসাবে জয়পুরহাট থানাকে মান উন্নীত করা হয়।
দেশ স্বাধীনের পর নগরায়ন ও ব্যবসায়িক কেন্দ্র হিসাবে জয়পুরহাটের গুরুত্ব বেড়ে গেলে ১৯৭৫ সালের ৮ই জানুয়ারী ২০.৭২ বর্গ কিলোমিটার এলাকা নিয়ে জয়পুরহাট সদর উপজেলা প্রতিষ্ঠা লাভ করে। পরবর্তীতে জয়পুরহাট সদর উপজেলা গুরুত্ব অনুধাবন করে ১৯ শে জুন ১৯৯১ সালে জয়পুরহাট সদর উপজেলা স্বীকৃতি লাভ করে। বর্তমানে ৯টি ওয়ার্ড এবং ১০৬৭২৯ জন জনগোষ্ঠি নিয়ে এই জয়পুরহাট সদর উপজেলা ।